La transplantation de microbiote fécal (TMF) est un traitement médical autorisé et validé, en France comme dans le monde. Elle vise à rétablir l’équilibre d’un microbiote intestinal déséquilibré, situation appelée dysbiose. Alors que les besoins restent importants, la Dre Colline Brasseur (Hospices civils de Lyon) a montré, début 2026, que cette technique est sous-utilisée en France.
- La transplantation de microbiote fécal peut traiter l'infection à Clostridioides difficile, prévenir jusqu'à 90 % des récidives, et est sous-utilisée en France.
- Elle nécessite un donneur en bonne santé, sélectionné par un questionnaire, des analyses, et une quarantaine de ses prélèvements.
- Le processus de don est rigoureux, avec un seul don pouvant servir à plusieurs patients, et une compensation financière pouvant atteindre 1 000 € par mois.
- La recherche explore d'autres indications, comme la maladie de Crohn ou l'immunothérapie en cancérologie, et vise à mieux comprendre le microbiote grâce au projet French GUT.
La préparation utilisée est réalisée à partir de selles, le plus souvent congelées, d’un donneur en bonne santé. Elle peut être administrée par lavement, par sonde, par capsule ou par coloscopie. Considérée comme un produit thérapeutique, elle relève de la législation sur les médicaments et son utilisation est encadrée par l’Agence nationale de sécurité du médicament et des produits de santé (ANSM).
Une indication autorisée, des résultats mis en avant
Aujourd’hui, une seule indication est autorisée : l’infection récidivante à Clostridioides difficile. Cette infection touche environ 120 000 personnes en Europe et provoque plus de 4 000 décès. Depuis 2014, la TMF est recommandée à partir de deux récidives. Elle a récemment été étendue dès la première récidive chez les patients à risque de complications, ainsi qu’aux formes sévères non contrôlées.
Son objectif est de restaurer le microbiote intestinal du malade pour empêcher de nouvelles infections, potentiellement fatales. Selon la source, la TMF prévient 80 à 90 % des récidives d’infection à C. difficile, un taux bien supérieur à celui des antibiotiques.
Malgré ces chiffres, l’étude de la Dre Colline Brasseur souligne une sous-utilisation en France, qui expose les patients éligibles à un surrisque de récidives et de décès liés à l’infection. Pour la journaliste de la source, il s’agit d’une « réelle perte de chance ».
La TMF est coordonnée par le Groupe français de transplantation fécale (GFTF), qui s’appuie sur plusieurs banques de selles à l’échelle nationale. Ce dispositif est en mesure de répondre à la demande actuelle, qui concerne environ 10 % des infections à C. difficile.
La recherche se poursuit en parallèle. La TMF est étudiée dans certaines complications des greffes de moelle osseuse, dans la maladie de Crohn légère, dans le syndrome de l’intestin irritable, ainsi qu’en cancérologie, où des données de plus en plus consistantes montrent que modifier le microbiote peut améliorer la réponse à l’immunothérapie. Pour avancer, les chercheurs ont besoin de donneurs, notamment dans le cadre du French GUT. Ce projet français à vocation internationale vise 100 000 participants volontaires dans la population française d’ici à 2029, afin de définir ce qu’est un microbiote de personne en bonne santé.
Un donneur sur dix environ retenu
Le premier filtre consiste en un questionnaire qui passe au crible les antécédents médicaux, les symptômes digestifs, les voyages récents et les risques d’exposition à des infections, notamment sexuellement transmissibles. Viennent ensuite un bilan sanguin complet et une analyse des selles à la recherche de bactéries, de virus, de parasites et d’autres agents pathogènes. Seuls 10 % environ des candidats passent cette sélection.
Aucun classement entre un microbiote « bon » et « mauvais » n’est possible à ce stade : aucun test scientifiquement validé ne permet aujourd’hui de faire cette distinction, contrairement aux nombreuses publicités pour les analyses de microbiote. Le principal critère reste la bonne santé générale du donneur.
Une fois la sélection franchie, le donneur effectue généralement 3 à 4 prélèvements, sur une période de 15 jours à 8 semaines. À chaque don, un nouveau questionnaire vérifie l’absence de problème de santé ou de risque infectieux, comme une gastro-entérite ou un contact avec une personne infectée. Des contrôles virologiques sont réalisés chaque semaine. Les selles sont ensuite congelées en France, puis placées en quarantaine. Si tous les contrôles sont normaux à la fin de la période, les « transplants » peuvent être utilisés.
Un seul don peut servir à plusieurs patients : environ 100 g de préparation permettent d’obtenir 2 à 3 transplants destinés aux infections à C. difficile. Avec deux périodes de dons, une même personne peut en fournir jusqu’à 24 par an.
En France, l’indemnisation varie selon les structures. Elle peut atteindre 50 € par don de selles dans certains hôpitaux, et la réglementation autorise une compensation pouvant aller jusqu’à 1 000 € par mois, dans la limite de 5 000 € par an.
